新生儿黄疸的原因有：胆红素生成过多，胆红素与白蛋白结合的能力不足，肝脏中摄取非结合胆红素的能力比较差，肝脏系统发育不成熟，新生儿肠肝循环。
胎儿在宫内，低氧的环境中，红细胞相对是比较多的，如果出生的时候脐带结扎延迟，红细胞的数量就会更多，胎儿的红细胞的寿命，是比较短的一般是70到100天，所以产生的胆红素的量也比较多，出生以后开始用肺来进行呼吸，氧分压急剧升高，过多的红细胞会迅速的破坏，使血中非结合胆红素增加更多，成人每天生成胆红素，大概是65个微摩尔每升，新生儿大概每天生成145.4个微摩尔每升，新生儿的胆红素生成相当于成人带两倍，因此新生儿肝脏代谢胆红素的负荷是比成人要大的。
新生儿出生后的短暂阶段，有轻重不等的酸中毒，酸中毒会影响白蛋白的与胆红素的结合，另外早产儿血中白蛋白更低，所以更是胆红素的连接运输能力差。
新生儿肝脏内缺乏Y蛋白和Z蛋白，所以在生后的第5天，Y蛋白和Z蛋白逐渐合成，由于Y蛋白和Z蛋白的合成不足，影响了肝脏对非结合胆红素的摄取，肝脏系统发育不成熟，也就是酶的问题，也导致黄疸的增加，是新生儿肠肝循环的增加，这样都会导致新生儿发生黄疸。