巧克力囊肿可引起痛经、导致不孕，容易恶变，还会导致胚胎畸性，增加流产率。巧克力囊肿易在月经前后出现自发破裂，患者会突然腹痛，类似急腹症。巧克力囊肿会破坏正常卵巢结构，使卵巢发生变化，减少卵子数量，造成生育力下降。也可使机体的免疫系统发生异常，使免疫细胞分泌出破坏卵巢组织的酶类物质，降低卵巢储备。巧克力囊肿极易造成卵巢和输卵管与周围组织的粘连，而且患病时间越长，粘连越严重，导致卵巢无法排卵，输卵管被死死的固定而动弹不得，即便是卵巢排卵后，输卵管也无法起到运输卵子的作用，无法完成受孕，最终导致女性不孕。巧克力囊肿和卵巢子宫内膜样癌，透明细胞癌之间的关系密切，恶变率约为1％。巧克力囊肿常常伴有体内免疫系统的失调，腹腔内细胞会分泌伤害精子的物质，影响精子活性。

巧克力囊肿手术后怀孕是预防复发的最好治疗方法。对于巧克力囊肿，怀孕是预防复发的最好治疗方法，整个孕期，在大量孕激素长期作用下，异位的子宫内膜会萎缩消失，假孕疗法是治疗子宫内膜异位症很重要的一种方法，就是模拟妊娠状态来实现疗效的，所以，巧克力囊肿术后不久就怀孕，是预防复发的最好、最有效方法，对于那些病情比较严重的患者，医生会建议术后立即开始用GnRH-a，每28天1次，连续用药4至6个月。用药期间体内激素水平类似切除双侧卵巢后状态，无月经来潮，不排卵，称为假绝经疗法，异位子宫内膜失去雌激素的维持，发生萎缩、凋亡，逐渐消失，达到预防复发的作用，停药后很快会恢复排卵和月经周期，就可以怀孕，不影响卵巢功能，尤其对于有生育要求的患者，更为合适，这种方法副作用较大，主要是骨质疏松和更年期综合征表现，但对于预防复发和生育价值很大，其副作用可以通过补充最小量的雌激素，使体内的雌激素水平不至于导致严重的骨矿物质丢失来避免。对于无生育要求者，排除避孕药的禁忌情况后，首选短效口服避孕药，优点是简便、有效、经济、安全。需要服用3-6个月以上为好，服药期间停止排卵，也无月经来潮，停药后就能恢复，不影响卵巢功能，如果超过40岁，血栓的风险增加，需要在医生的指导下，经过严格的筛选，谨慎应用。

当巧克力囊肿没有得到一定的治疗发生越来越大的情况下很容易出现巧克力囊肿破裂的情况，如果巧克力囊肿出现了破裂严重的时候有可能会致命危险，因为巧克力囊肿的囊液有很大的侵蚀性。巧克力囊肿目前来说，一般医生大多数都是推荐治疗的，当然也有一些人对治疗无论是药物手术都有恐惧，当然也有一些比较偏远的地方或者经济比较差的一些家庭，不能承受选择了不治疗。当然其实不治疗，如果没有症状，只是慢慢的发展、慢慢长、发生恶变的概率也是比较低，主要是巧克力囊肿增大还有引起的一个周围的炎症反应，机能粘连引起一个慢性的疼痛、不孕这一些情况，当然到后期来说有可能就是不能手术，只能用药物治疗了。巧克力囊肿大多生长在女性朋友的卵巢当中，当得了巧克力囊肿就代表卵巢出现一定的问题。大家都知道女人怀孕是和卵巢有很大的关系的，所以得了巧克力囊肿就一定会影响卵巢的正常功能，从而影响怀孕的。针对于没有生育过的女性朋友来说这是非常严重的问题，所以在没有生过孩子又有生育要求的人来说如果巧克力囊肿不治疗就会容易不孕。另外巧克力囊肿虽然是良性疾病很少发生恶变。但是却有增生、破裂、浸润、转移及复发等恶性行为。

巧克力囊肿是什么引起的，巧克力囊肿首先应该知道它是长在卵巢上，在卵巢的囊肿内囊液是巧克力的颜色，所以它叫卵巢的巧克力囊肿。引起它的原因很多，最常见的是卵巢的子宫内膜异位症。正常的子宫内膜异位到了卵巢表面，它伴随着每个月的月经的出血。它的血液排不出去，就在局部越积越多，形成了一个巧克力囊肿。那么还有一些情况是比如说，卵巢的黏性囊腺瘤或者浆液性囊腺瘤，因为囊内出血污染了囊内的液体，所以它也是咖啡色。那么到底是什么原因引起的，还需要把这个囊肿把它剥离出来，在显微镜下进行观察，才能知道到底是卵巢的子宫内膜异位囊肿，还是卵巢的浆液性囊腺瘤还是卵巢的黏性囊腺瘤等等。至于为什么会形成卵巢的子宫内膜异位症或者是浆液性囊腺瘤还是黏性囊腺瘤，病因目前不清楚，还需要今后我们医务界广大的医务工作者再继续去深入的研究探讨它，才能知道是什么原因导致的这个巧克力囊肿。

巧克力囊肿患者服用药物前，首先应明确巧克力囊肿性质，再选择合适药物治疗。浆液性囊腺瘤或粘性囊腺瘤，药物治疗无效。卵巢子宫内膜异位囊肿，可借助激素类药物抑制月经来潮，以此达到防止囊肿出血、继续长大的目的。也可借助中药治疗卵巢子宫内膜异位囊肿，其对患者并发痛经症状作用效果较好，但对囊肿增长抑制作用不大。一、浆液性囊腺瘤或粘性囊腺瘤，药物治疗无效；二、卵巢子宫内膜异位囊肿，可通过药物治疗，控制继续生长。但对于已经长出的囊肿，服用药物无法促使其消退，可用激素类药物抑制月经。一般只要不来月经，囊肿就不会出现继发出血以及变大。若月经正常来潮，囊肿继续长大可能性很大。有些中药也可治疗卵巢子宫内膜异位症，但中药对于缓解卵巢巧克力囊肿导致的痛经，效果比较好，对控制卵巢囊肿继续长大效果较差。