一般来说，孕期做无创DNA检测的最佳时间，是孕十六到十八周左右。理论上，孕十二周以后，孕二十八周之前，都可以进行无创DNA检测。
但实际上在孕十六到十八周之间，做无创DNA检测是最好的。因为如果检查时间过早，比如刚过孕十二周就检查，有时会增加一些麻烦。如果无创DNA检测提示高风险需要在孕十六周之后，做羊水穿刺检查确诊，十二周就做了无创，需要等一个月再做羊水穿刺检查，会明显的增加患者的焦虑，所以无创DNA检测不宜过早。
无创DNA检测也不宜过晚，因为无创DNA检测如果提示高风险，要进一步行羊水穿刺检查确诊。羊水穿刺检查，如果确诊为染色体异常，要在孕中期引产，也就是说要在孕二十八周之前引产。羊水穿刺检查结果，一般需要一个月左右才可以出来，所以无创DNA检测最迟不能拖到二十四周之后做，如果拖到二十四周之后做，常常等到羊水穿刺结果出来，就已经过孕二十八周了，就无法进行孕中期检查，所以无创DNA检测不宜时间过晚。
大部分医生建议，在孕十六到十八周之间进行，这样就可以避免过早检查引起的焦虑，也可以避免过晚检查造成来不及。一般来说，孕十六到十八周左右，对于年轻的女性可以进行普通的生化唐筛。而对于三十五岁以上的女性，目前多建议行无创DNA检测，如果无创DNA检测提示高风险，要进一步行羊水穿刺检查确诊。