复方嗜酸乳杆菌片，如果长期服用可能会导致菌群失调，从而造成肠道功能紊乱，所以用药之后患者反而会出现胃肠不适，而且还会导致腹泻以及便秘症状加重。
有一部分患者在用药过程中可能会觉得有轻微的腹痛。用药过程中要注意用量，如果只是轻微的腹泻，最好不要口服复方嗜酸乳杆菌片，可以选择用饮食调理，这样肠道功能可恢复正常。在用药过程中建议定期检查，如果有什么不适要按照要求来停用药物。复方嗜酸乳杆菌片是一种助消化的药物，该药物主要含有嗜酸乳杆菌，可以用来治疗肠道菌群失调引起的胃肠道功能紊乱，特别是伴有腹泻症状时，可以使用复方嗜酸乳杆菌片来进行治疗。在使用该药物时要注意，因为该药物当中含有的都是肠道益生菌活性物质，所以要用温水冲服，千万不要用热水服用该药物，否则可能会导致药物失效。另外就是不要用抗生素类药物一起使用，否则也会影响该药物的促消化功能。如果腹泻比较严重时，可以和蒙脱石散等止泻药物一起使用。服药前先喝一口水湿润口咽部，不可干吞，以免药物粘附在食管壁，建议用温水服用。如与抗酸药，如碳酸氢钠片、抗菌药、如头孢、阿莫西林等合用时，可减弱本品疗效，所以要间隔3小时分开服用。
在应用药物期间，要注意保持良好的饮食及生活习惯，避免油炸，油腻，生冷辛辣，刺激过甜过酸等不容易消化的食物、以容易消化的清淡饮食为主，避免过饱饮食及暴饮暴食的情况，忌烟酒，浓茶，咖啡等。
