不仅仅备孕爸爸用药方面小心，准爸爸们服用药物也需要考虑到是否对胎儿有影响。在正常情况下，睾丸组织与供应睾丸营养的血液之间有一个防护层，医学上称为血睾屏障，这一屏障可以阻止血液中某些物质进入睾丸。但是，不少药物却能通过血睾屏障，从而影响睾丸功能，干扰精子的形成，并通过两种方式影响精卵健康结合。
一是干扰精子的形成。如常见的一些免疫调节剂，像环磷酰胺、氮芥、长春新碱、顺铂等药物，其毒性作用强，可直接扰乱精子DNA的合成，包括使遗传物质成分改变、染色体异常和精子畸形。还有吗啡、氯丙嗪、红霉素、利福平、解热止痛药、环丙沙星(人工抗菌素)、酮康唑(抗霉菌药)等。这些药物，通过干扰雄激素的合成而影响精子受精能力，像男性不孕症、妇女习惯性流产(早期胚胎丢失)，其中部分原因就是男性精子受损的结果。
二是这些药物通过血睾屏障进入睾丸。它们可随睾丸产生的精液通过性生活排入阴道，经阴道黏膜吸收后进入血液循环，使低体重儿和畸形胎的发生率增高，而且也会增加围产期胎儿的死亡率。
另外，还有一些药物也能进入精液，如灭滴灵、氨苄青霉素、苯丙胺、二苯基海因等，但现在的研究还不十分清楚它们对精子、受精卵以及胎儿有何影响。
此外，影响男性性生活的药物，也会间接影响优生、优育。下列药物准爸爸不能随意使用。
各种性激素类药物:如雄激素、克罗米芬，可影响人体的内分泌功能，医生常常用于治疗内分泌疾病。但是，这些药物是双刃剑，使用得当，有助于生育;使用不当则抑制精子发育。准爸爸应用雌激素、孕激素类药物时，还可能导致性快感降低，性欲迅速减退甚至消失，从而影响射精功能。
还有，诸如强的松、地塞米松等糖皮质激素，如果长期大量应用，也会降低准爸爸的性功能并伤害精子的健康。
利尿药如，安体舒通有抗雄性激素的作用，若长期使用，会降低性功能并伤害精子。还有，双氢克尿塞也会降低性功能;速尿(呋塞米、呋喃苯胺酸)和丁尿酸(丁苯氧酸、布美他尼)可诱发低血钾症，有时还会发生勃起功能障碍，但补充钾盐后情况可改观。
