例如，葡萄糖醛酸转移酶分泌量小，活力低，许多药物不能与之结合，在体内游离，导致积累中毒。比如氯霉素半衰期，成年人4小时，新生儿25小时，当剂量超过每天时loo毫克/公斤体重时，其死亡率可为对照组的8倍，并出现2种独特症状―9天后，婴儿开始出现恶心、呕吐、进食困难、腹然后体温过低，肌肉松弛，呼吸困难，面部血管因缺氧而呈灰白色，称为"灰婴综合征"。所以新生儿最好不要使用氯霉素。必要时，应严格掌握每天20125毫克/公斤的体重。
新生儿肾脏也处于发育阶段，肾小球的过滤率仅为成人30―40%，如主要由肾脏排泄的四环素，其半衰期从正常8小时延长到108小时，容易在血液中积，引起中毒。因此，应减少剂量，并延长间隔。同样，使用庆大霉素时，每天每公斤体重3公斤―5毫克计算，只需每24小时注射一次肌肉即可。
新生儿血脑屏障渗透性强，但一般胆红素与血清白蛋白结合后，不易进入脑组织产生毒性作用。服用某些药物后，胆红素-游离胆红素可能会通过血脑屏障损伤脑组织，因为它们可以与胆红素竞争白蛋白并与之结合，从而导致危害儿童生命的核黄疽。这些药物包括稳定性、儿童安全、抗炎疼痛、新生霉素、磺胺异恶唑、苯甲酸钠咖啡因和水溶性维生素K，一般不适合新生儿使用。
需要指出的是，新生儿血红蛋白还原酶的活性较低，致使血红蛋白较易氧化，若应用磺胺药及氯丙嗪等，可能导致新生儿发生高铁血红蛋白血症，出现青紫等症状。
此外，新生儿的皮肤和粘膜又薄又嫩，血管丰富，对外用药吸收量大，有时会引起严重反应，甚至全身中毒。例如，上述情况有时发生在硼酸软膏、可松软膏和1%硫酸阿托品滴眼液中。
还有一些民间习俗，也值得注意。比如新生儿出生一两天，有人给他喂黄连甘草水，据说可以解决"胎毒"。事实上，黄连和甘草的结合会失去抗菌作用，只需要黄连服1―2次即可。有些女人把珍珠撒在乳头上，认为吮吸后会使乳头强壮。但要知道这种药含有朱砂等成分，对人体器官的功能极为有害。其他人认为，让婴儿多吃六神丸不会产生痱子和疥疮。但它含有蟾酥等毒性药物，若超过服用剂量，可引起恶心、呕吐、心跳过缓等症状，严重的会发生心房、心室之间的传导阻滞、惊厥和循环衰竭而死亡，因此千万不能滥用。
