扁平苔癣形成的原因多种多样，临床上常见的有因环境、家庭、工作，个人生活等各方面原因，系统性疾病因素，遗传因素等，对于患者来说，了解清楚此病的病因固然重要，但是还有最重要的那就是选一家正规的医院，积极开始治疗。

免疫学因素：目前仍不完全清楚。根据本病病情波动、反复及在上皮下固有层有炎症浸润，主要为来自T淋巴细胞的浸润带，因而考虑与免疫因素有关，并证明这些细胞不是局部增生的结果，而是来自血液。现多认为扁平苔藓为免疫功能低下可导致对一种未明病毒易感性，并提出患者存在体液免疫紊乱。

局部刺激因素：不同金属修复体在口内形成电位差。另外，充填物的刺激等，可引起口腔粘膜苔藓样改变。有报道银汞充填体引起苔藓样病损，少数患者也可能对铜、锌、银等产生变态反应。这些可能为迟发性超敏反应(Ⅳ型变态反应)接触性变态可能为游离汞进入粘膜后成为抗原而引起局部反应。

遗传因素： 有人发现本病有家族史倾向，不少学者进行了家系发病研究，但系谱分析不符合单基因遗传规律。现多从HLA(人类白细胞抗原)方面进行研究。在家族性扁平苔藓患者所携带的HLA型基因，明显高于非家族性扁平苔藓的对照组，说明扁平苔藓发病可能与遗传因素有关。