先天性幽门狭窄有以下原因：1.遗传因素，有些人有先天性幽门肥大的家族史。2.神经系统问题，先天性幽门肥大的原因之一，是胃源性神经结构的改变和功能障碍。3.胃肠激素的作用，研究发现，患病婴儿的胃液中含有比正常儿童更高水平的胃肠激素。胃肠激素有可能引起局部胃肌肉紧张和局部肥大。