目前临床上对于巧克力囊肿的治疗方案的选择，需要根据患者的年龄、囊肿的大小、患者存在的临床表现和患者主要的致病原因综合的来进行考虑的。如果对于有生育要求的女性巧克力囊肿不大，仅仅表现为单纯的巧克力囊肿腹腔内没有明显的病灶，可以使用药物来缓解痛经的症状，这种情况下可以采取保守治疗，让患者尽早的怀孕解决生育要求。因为怀孕后对于子宫内膜异位症也是一种治疗，而对于年龄偏大已经有孩子的女性囊肿已经侵犯了身体的其他部位，而且症状比较重时需要进行根治性的手术，必要时也可以进行子宫以及双侧卵巢的切除。对于单发的巧克力囊肿，囊肿直径大于五厘米也可以进行腹腔镜下的囊肿剥除术，术后可以给予GNRHA药物治疗。

在一般情况下巧克力囊肿的患者是可以怀孕的，但是如果巧克力囊肿不大，没有影响到卵巢的正常功能，这个卵巢是可以正常排卵的。在这种情况下女性的怀孕一般是不会受到影响，所以巧克力囊肿的患者是可以怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，而且影响了卵巢的功能，从而引起卵巢不能正常排卵，而且巧克力囊肿引起的盆腔粘连、输卵管不通、输卵管梗阻，这种情况下是容易引起女性不孕的发生。所以巧克力囊肿的女性能不能怀孕，需要结合患者的具体情况来决定的。建议有巧克力囊肿的女性，应该尽早的去医院进行治疗，必要时可以进行手术把巧克力囊肿切除掉然后再进行怀孕。

目前临床上认为卵巢巧克力囊肿是有可能发生遗传的，因为巧克力囊肿属于卵巢型子宫内膜移位症。虽然具体确切的致病原因尚不明确，但是因为研究表明，卵巢巧克力囊肿具有一定的家族聚集性。因此我们认为巧克力囊肿中有一定的遗传的可能。如果女性患者家族中的母亲或者姐妹有发生巧克力囊肿的病例，患有巧克力囊肿的可能性就会明显的高于没有家族史的女性，所以建议此类人群在日常生活中应该避免紧张焦虑的情绪，避免压力过大。在日常生活中避免食用辛辣、寒凉刺激性的食物。

一般来讲卵巢的巧克力囊肿都是由子宫内膜异位症造成的。那么卵巢的子宫内膜异位囊肿它的恶变率大概1%左右很低，一般常常我们在发现这个卵巢的囊肿直径超过10公分的时候，B超提示囊内壁不均匀的时候，那么医生要高度的警惕是否有恶变的可能。卵巢的子宫内膜异位症，它的恶变率一般在1%左右，那么除了卵巢的子宫内膜异位症以外，比如说卵巢的浆液性囊腺瘤或者是黏性囊腺瘤，伴随囊内出血，那么在这个时候它的恶性程度就要远远高于卵巢的子宫内膜异位症。因为有些卵巢的恶性肿瘤常常会有囊内出血，在这时候它的囊内液也可能是那种巧克力色的。那么在这个时候它就有可能本身就是一个恶性卵巢的囊肿卵巢的恶性的肿瘤，所以在这个时候我们应该高度警惕。那么对于那些有卵巢囊肿的患者，做B超的时候囊内可能会有一些不均匀的回声，当它的直径大于10个厘米的时候，那么我们更应该警惕它是否有恶性的可能。

巧克力囊肿怎样治？首先我们要明确巧克力囊肿是什么性质的，如果说它已是以前通过手术治疗发现就是一个卵巢子宫内膜异位症。那么现在囊肿不是很大，小于四公分，我们可以通过药物治疗。但如果是初次就诊，第一次发现，那么我们应该建议患者进行手术剥离，把囊肿取出来，明确它的性质，到底是卵巢的子宫内膜异位症，还是浆液性囊腺瘤还是黏性囊腺瘤。一般来讲，卵巢巧克力囊肿它有很高的复发率。那么再次来的时候，当囊肿长到一定程度，可以通过超声引导穿刺，把囊内液抽出来，然后再进行相应的药物治疗。总的来讲，卵巢的巧克力囊肿单纯通过药物治疗是效果非常的差非常的低，那么需要做一些物理的干预。比如说超声引导穿刺抽出囊内液或者是做手术把囊肿剥掉进行病理检查，总的来讲，初次发现巧克力囊肿，建议手术治疗，复发可以考虑囊内穿刺抽液，辅助药物治疗。