卵巢囊肿是否会影响生育取决于卵巢囊肿的类型和引起卵巢囊肿的疾病。卵巢囊肿是指卵巢上充满液体或者半固体物质的非癌性囊肿，分为功能性卵巢囊肿和非功能性卵巢囊肿两大类，功能性卵巢囊肿包括卵泡囊肿、黄体囊肿，非功能性卵巢囊肿包括皮样囊肿、巧克力囊肿、囊腺瘤等。功能性卵巢囊肿是生理性囊肿，由月经周期造成，如果直径不大、无明显临床症状，一般不需要处理，也不影响生育。功能性卵巢囊肿中的卵泡未破裂黄素化囊肿，因为卵泡未破裂，卵子不能排出，会影响生育。非功能性卵巢囊肿中的巧克力囊肿为子宫内膜异位引起，会引起盆腔粘连、影响卵巢功能，从而影响生育。此外，无论哪一类囊肿，如果各种因素导致破裂、扭转，会继发感染，引起粘连，从而影响输卵管及卵巢的功能，影响生育。

卵巢囊肿如果只是个良性的囊肿，它是可以不影响怀孕的。但是现在临床上比较常见的有一种卵巢的囊肿叫巧克力的囊肿。巧克力一样的囊肿，我们简称为叫卵巢的巧囊。卵巢的巧囊实际上它是一个子宫内膜异位的囊肿，也就是说女性正常的子宫内膜是在宫腔里的，而现在这个子宫内膜它异位到卵巢里边，随着每次来月经的时候，卵巢里边的内膜也会脱落出血，形成一个巧克力一样的颜色的血液，包裹在卵巢里称为卵巢巧克力囊肿。卵巢的巧克力囊肿有可能就会影响怀孕。因为它会和周围的输卵管、卵巢粘连，会发生一个不排卵，甚至会阻碍盆腔，有盆腔的炎症会导致宫外孕，甚至会导致不排卵压根怀不上孩子。所以说卵巢的巧囊会影响怀孕。但是小的卵巢的巧囊可能也不影响怀孕。还有一种卵巢的囊肿就是所谓的可能她会有畸胎瘤，有其它的卵巢的良性的肿瘤。卵巢良性的肿瘤在小于四公分以下的，比如说两、三公分、一点几公分，这种卵巢的畸胎瘤可能也不影响怀孕，只要她有正常的排卵也就没有关系。但是如果畸胎瘤很大，她没有排卵，那就会影响怀孕。

卵巢囊肿有很多类型，不同类型对女性危害也不一样，整体来说最大的危害就是恶变。卵巢囊肿大体分为肿瘤性和非肿瘤性，肿瘤性卵巢囊肿一般直径超过五、六公分，会逐渐长大，不会随着月经而改变，并且存在恶变的可能，医生一般建议要及时地手术剥除。非肿瘤性卵巢囊肿包括卵泡囊肿、黄体囊肿、炎性包块、卵巢巧克力囊肿等多种情况，这些肿瘤多半不会恶变，尤其是卵泡囊肿和黄体囊肿，常会随着月经来临而逐渐吸收消退，一般不需处理。

卵巢囊肿分生理性囊肿和病理性囊肿。生理性囊肿小于5cm，B超和抽血化验肿瘤标志物均无异常时，定期复查即可。大于5cm卵巢囊肿或肿瘤标志物明显升高者，要及时手术；病理性囊肿，尽快手术切除原发性病变以及转移病灶，同时借助中医中药辩证治疗，提高患者生存质量。生理性囊肿如滤泡囊肿和黄体囊肿，是卵泡发育和排卵后黄体生成形成，囊肿直径多小于5cm，往往观察2到3个多月，月经干净后会自行消退，常不需要特殊处理。对小于5cm卵巢囊肿，B超和抽血化验肿瘤标志物均无异常，以观察随访为主，定期复查。若发现有增大趋势或肿瘤标志物升高，应及时手术治疗。对大于5cm卵巢囊肿，不管B超和抽血化验肿瘤标志物是否异常，建议手术治疗，特别是肿瘤标志物升高患者要尽快手术。若患者较为年轻且没有生育过，尽可能保留正常卵巢组织。若年龄在45岁以上或绝经患者，一般进行输卵管卵巢切除术；恶性卵巢囊肿患者，尽可能通过手术切除原发囊肿以及在盆腔或腹腔转移灶，也可用中药调节内分泌，增强免疫，辩证施治方法，采用“软坚散结，活血化瘀，扶正固本”治疗原则，治疗卵巢囊肿。

对于卵巢囊肿，若无症状，较小且无并发症出现，一般不影响怀孕，也无需进行治疗。若卵巢囊肿发生急性蒂扭转、感染、恶变或破裂，常需要急诊进行手术处理，手术可选择一侧卵巢切除术。行一侧卵巢切除术后，因对侧卵巢健在，可正常排卵，因此不影响怀孕。对于巨大的盆腔卵巢囊肿常需进行卵巢囊肿剥除术。卵巢囊肿可分为生理性卵巢囊肿和病理性卵巢囊肿，生理性卵巢囊肿又称卵巢瘤样病变，主要包括滤泡囊肿和黄体囊肿。此囊肿是生育期妇女最常见卵巢瘤样病变，多为单侧，壁薄，直径一般在8厘米以下，常观察或口服避孕药，2到3个月可自行消失。若肿块持续存在或增大，卵巢囊肿的可能性较大。