支原体肺炎，大多数感染者为临床显性感染。开始仅累及上呼吸道，在经过两至三周后病情加重，可表现为全身症状，如发热、全身不适、咳嗽和头痛。咳嗽是肺炎支原体感染的特点，有些患者咳嗽比较严重，为刺激性咳嗽。在随之一到两天后，咳嗽的频率和严重程度增加，可能会使患者衰弱。
随着病情进一步加重发展为支气管炎肺炎，咳嗽更加严重。但白天较少，偶有痰中带血，由于持续的咳嗽，可因肌张力增加而发生。胸骨旁胸腔疼痛，这种疼痛不是炎症累及胸膜造成的，与胸膜疼痛不同。患者可出现发热，体温通常在三十七度八至三十八度五并伴有畏寒，查体可发生咽部充血、水肿，但通常没有颈部淋巴结肿大，有些患者可有肺部以外的并发症，如皮疹、心包炎、溶血性贫血、关节炎、脑膜炎和外周神经病。