两者所使用制成药物的草药有很大的区别，所以功效也是有很大的差别的。锁阳固精丸主要是用来补肾，所以该药物所使用的草药大多都是用来滋补的，如：人参、龙骨等。而金锁固精丸则是用来缓解并治愈肾部功能出现减弱的，所以该药所选用的草药都是用于抑制和改善病情的，如：莲子和牡蛎等。